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一、作用上的區別
潔凈工作臺利用風機把空氣吸到空氣過濾器中，然后經過靜壓箱之后，來到高效過濾器過濾空氣雜質。之后把干凈的空氣送到操作間，實現空間的潔凈度，保證整個空間的潔凈需求。
而生物安全柜則是一種空氣負壓設施，有些時候實驗過程中會出現一些危險性或者是未知的生物微粒產生散逸的情況，這種設備就是防止這些物質擴散到空氣中。
二、分類上的區別
潔凈工作臺主要有兩種水平層流以及垂直層流。同時也會根據操作結構或者是用途分類。
生物安全柜在分類上面則是根據NSF49標準來分類，一般是P1~P4級別。
三、用途上的區別
潔凈工作臺主要是為無塵環境帶來潔凈空氣的設備。在醫藥衛生、生物制藥、食品以及實驗室等地方使用廣泛。在很大程度上面這種設備可以改善生產工藝的環境條件，提升產品質量等。
生物安全柜則主要是用在微生物學、生物醫學、基因工程以及生物制品等多種領域，方便科研、教學以及臨床檢驗等地方。這種設備更多的是起到一種防護的作用。
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