首先，兩者的空氣循環模式不同。從“棚”和“房”的叫法，就可以大致分辨出，潔凈棚要更為簡陋一點。潔凈棚和模塊化無塵室兩者頂部都是用FFU凈化模塊，但是潔凈棚在底部留有縫隙，垂簾也是透氣的，頂部吹出的潔凈空氣，可以從這些縫隙排出。因為潔凈棚面積較小，所以這種設計也是可以達到百級的潔凈等級的。而模塊化無塵室根據不同的面積、場地環境，可以選擇使用回風夾道、回風柱，或者是直接排出室外。潔凈等級從1級、十級、百級到千級、萬級、十萬級等，均可以達到。潔凈棚多是全新風，而模塊化無塵室可循環風+部分新風。

其次，兩者適用的面積和環境不同。潔凈棚的面積較小，一般在100㎡以下，為保證潔凈等級，有時需要結合大的無塵室使用。一般只是單獨使用，也可以多個潔凈棚連接組成潔凈區。

而模塊化無塵室可單獨使用，面積300㎡以下都可以滿足需求，近年來面積有越來越大的趨勢，500㎡、600㎡也有客戶要求使用模塊化設計。它可以根據人、物料的運動路線、工藝流程，劃分為不同等級的潔凈區、輔助潔凈區。

第三，兩者使用的材料不同。潔凈棚整體用料要差一些，框架有烤漆方通，或者不銹鋼方通、工業鋁型材，四周圍護使用防靜電垂簾或者網格簾、亞克力板。門口一般就是簾子。根據需要可選配風淋室、傳遞窗、智能控制系統等，也可不配。

而模塊化無塵室框架一般是鋁型材框架、鐵方通靜電噴涂、SUS304不銹鋼框架，四周圍護有不銹鋼板、烤漆鋼板，加上大幅雙層中空玻璃視窗，此外還要配備專門設計的凈化門。顏值更高，能滿足額外的參觀、展覽需求。風淋室、傳遞窗、智能控制系統則是標配。面積大的話還需要配置逃生門。